Любая инфекция попадая во влагалище женщины уничтожается сразу, либо остаётся во влагалище на время, а потом уничтожается лактобактериями или кислой средой. Возможно более длительное нахождение микробов в половых органах, но и здесь срабатывает механизм защиты. Любое временное нахождение микрофлоры называется транзиторной. В норме у здоровой женщины можно определит: гарднереллы, бактероиды, фузобактерии, мобилункусы, лептотрикс, велионеллы, пептококки, микоплазмы и другие. Их количество очень мало и они не всегда присутствуют во влагалище. При попадание патогенных микроорганизмов, уничтожается лактобацыллы, среда влагалища становиться щелочной, в ней начинают размножаться транзиторные микроорганизмы, с развитием бактериального вагиноза. Наиболее часто при бактериальном вагинозе обнаруживаются гарднереллы. Очень часто происходит заражение мужчин условно-патогенной транзиторной влагалищной микрофлорой. Мужчины перенёсшие ранее венерические болезни, больные хроническим простатитом и злоупотребляющие применением для профилактики половых инфекций местных антисептиков (мирамистин, хлоргексидин), а также изменения возникшие например в связи с возрастом, эндокринными нарушениями подвержены риску заражения. У большинство мужчин нет никаких симптомов и они являются переносчиками или носителями транзиторных микроорганизмов.